十多年前曾发生过一场惊天动地的忍界大战，让甲贺与伊贺两村死伤无数。双方的首领在死前所留下的遗腹子，就是甲贺八郎与伊贺响这对双胞胎。多年后，突然出现了名为「成寻众」的神秘集团，成员个个都能使用高强的法术或绝世武功，他们为了夺取强大的「樱花」之力，借德川家的名义出手缉拿甲贺八郎与伊贺响。「甲贺五宝连」与「伊贺五花撰」挺身抵抗，但――！
取回灵魂欠缺的另一半，再战的时刻到了――忍者啊，与樱花一同凋谢吧！成寻众来袭的六年后――众忍者聚集在甲贺八郎底下，为了夺回当年伊贺响被抢走的身体，再次挑战成寻众……！敌人个个都会使用超绝的忍术，在琵琶湖畔建造了一座巨大的城堡，等待甲贺伊贺的年轻忍者来袭。忍法杀戮大战「第二幕」即将开幕！
充满恶意的「余兴节目」――甲贺伊贺vs.成寻众的五场忍法大战！甲贺伊贺的忍者被传送到成寻建造的巨大城堡「凤辇车」各阶层，要与在各层保管响的肢体的成寻众作战――！甲贺・蜩七弦与伊贺・泪的对手是「魔兽使」涅哩底王！七弦与泪的忍法，能够对抗这名强敌吗？
成寻众，发挥本领――！巨大城堡开始移动，忍者的性命因此消逝！成寻众使出超越人智的法术，操控时间、空间，以及人的宿命，玩弄甲贺伊贺忍者的生命……在流血心碎的死斗中，成寻众的「真实身份」陆续揭晓，战斗进入新的局面――！成寻众真正的目标到底是什么？忍者们以自己的性命为代价，迫近「樱花」之谜的核心！
真相即将揭晓！「樱花」诞生的命运之日―――甲贺伊贺忍者与成寻众展开炽烈至极的死斗时，八郎终于得知了隐藏在自己眼瞳中「樱花」的真相―――！成寻追求着「樱花」。天海很害怕这种忍法，想要埋葬「樱花」。解开「樱花」之谜的钥匙，就在弦之介与胧的「命运之日」！「甲贺」与「樱花」，联系着两部忍法帖的禁忌秘术，真面目到底是什么――？
十多年前曾发生过一场惊天动地的忍界大战，让甲贺与伊贺两村死伤无数。双方的首领在死前所留下的遗腹子，就是甲贺八郎与伊贺响这对双胞胎。 多年后，突然出现了名为「成寻众」的神秘集团，成员个个都能使用高强的法术或绝世武功，他们为了夺取强大的「樱花」之力，借德川家的名义出手缉拿甲贺八郎与伊贺响。在这两人交织出的生存之路的前方，将诞生出未知现象“樱花”，乱世之影也将由此渐渐逼近……「甲贺忍法帖」完结十余年后，威胁再次逼近甲贺与伊贺！
