1999年夏天，乔瑟夫的私生子东方仗助居住在日本小镇“杜王町”，这里有许多看似平凡的居民，但他们其实拥有替身能力，仗助接连地与这些不可思议的人相遇，其中包括了一名潜藏在小镇里的连续杀人狂——吉良吉影。

十四岁不良少年浦饭幽助，为救一名小孩被汽车撞死。由于他的死亡是预计之外，灵界并没有他的容身之所，因此他得到一个重生的机会。经过灵界考验，幽助重回自己身体，并成为“灵界侦探”。

乔纳森与DIO死斗后一百年，DIO从大西洋中苏醒。同时，乔瑟夫的外孙空条承太郎发现自己有替身能力，DIO的复活令承太郎的母亲陷入病危，为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与他的伙伴们展开为期五十天的旅程，从日本出发，前往埃及并打倒DIO。

1938年，乔纳森的孙子乔瑟夫·乔斯达是个天生有波纹才能的人，他结识了齐贝林的孙子西撒，并卷入了与古代超级生物“柱之男”的战斗。

乔纳森乔斯达是以绅士为目标的青年贵族，下层阶级出身的迪奥布兰度企图夺取其家产，他谋害乔纳森的父亲，并戴上具有特殊力量的石鬼面，变成吸血鬼，而乔纳森为了打倒他，向神秘的绅士齐贝林学习波纹气功。

星矢、紫龙、冰河、瞬、一辉等五个骁勇善战、正义善良的少年围绕在女神雅典娜身边与众神战斗。