当泰坦神族之王克洛诺斯复活过来，战斗的舞台从地上转到泰坦神族所支配的冥府。圣斗士与泰坦神族赌上各自的命运，揭开了这场最终之战的序幕。

故事讲述距离《圣斗士星矢》本篇所处年代的243年之前的圣战的故事。出场人物有在本篇里是前圣战残存者的黄金圣斗士的童虎和史昂这个时代的天马星座圣斗士天马。

乔纳森与DIO死斗后一百年，DIO从大西洋中苏醒。同时，乔瑟夫的外孙空条承太郎发现自己有替身能力，DIO的复活令承太郎的母亲陷入病危，为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与他的伙伴们展开为期五十天的旅程，从日本出发，前往埃及并打倒DIO。